Pohjavesinäytteet otetaan havaintoputkista yleensä pumppaamalla. Ennen varsinaista näytteenottoa vettä tulisi pumpata havaintoputkesta riittävän kauan, jotta otettava näyte edustaisi pohjavesivyöhykkeen vedenlaatua eikä putkessa olevaa vettä.
Näytteenottopumpun letkunpää tai uppopumppu laitetaan haluttuun näytteenottosyvyyteen ja aloitetaan pumppaus. Näytteenottopumppaus aloitetaan teholla 8−10 l/min.
Vettä pumpataan vähintään viisi minuuttia ja samalla seurataan veden sameutta sekä pumppauksen tuottoa esimerkiksi astiamittauksella. Veden kirkastuessa pumppaustehoa voidaan lisätä.
Pumppausta jatketaan vähintään 15 minuuttia veden kirkastumisen jälkeen. Kokonaispumppausaika on siis vähintään 20 minuuttia, jolloin vettä on pumpattu tuotosta riippuen 100−300 litraa. Tällöin vesi havaintoputkessa on vaihtunut useampaan kertaan.
Vähimmäispumppausaika voidaan arvioida laskemalla havaintoputkessa oleva vesimäärä. Ennen pumppauksen aloittamista tehdyn pohjavedenpintamittauksen ja putkikortin tietojen perusteella saadaan tieto pohjavesikerroksen paksuudesta havaintoputkessa. Halkaisijaltaan 50 mm havaintoputkessa on vettä metriä kohden noin 2 litraa ja 32 mm havaintoputkessa noin 0,8 litraa. Kertomalla tämä vesikerroksen paksuudella saadaan selville pumpattava vesimäärä ja vertaamalla tätä pumppauksen tuottoon voidaan arvioida aika, jonka kuluttua putkessa oleva vesi on vaihtunut.
Pumppausaika on sitä pidempi, mitä paksumpi vesikerros havaintoputkessa on.
Jos kyseessä on huonosti vettä tuottava havaintoputki, suositellaan putken pumppaamista tyhjäksi noin viikkoa ennen varsinaista näytteenottoa.
Kaivosta pumpataan vettä ennen näytteenottoa vähintään 2/3 kaivon vesitilavuudesta, jolloin näyte edustaa todennäköisesti pohjavesimuodostuman pohjavettä. Vähimmäispumppausaika on kuitenkin 20 minuuttia. Pumpattu vesi on syytä johtaa riittävän etäälle kaivosta, jottei se valu takaisin kaivoon.