Teemaan liittyvät seurannat tuottavat valtakunnallista perustietoa lajiston ja niiden elinympäristöjen tilasta. SYKE kerää havaintosarjoja merimetsoista, valkoposkihanhista, päiväperhosista sekä jokien ja järvien lajistosta. Pääosa seurannoista on aloitettu 1990-luvulla, mutta sisävesien lajistoa on seurattu 1960-luvulta lähtien. Seurannoissa mitataan mm. lajien runsautta, levinneisyyttä ja elinvoimaisuuden eri osatekijöitä. Seurantatietojen pohjalta arvioidaan eliöiden ja elinympäristöjen tilaa, suojelutarpeita ja suotuisaa suojelun tasoa ja kestävää käyttöä sekä kehitetään keinoja monimuotoisuuden suojeluun, hoitoon ja ennallistamiseen.
SYKE raportoi mm. Luontodirektiivin luontotyyppien seurannasta suoraan ympäristöministeriölle. Seurannasta riippuen tiedot tallennetaan joko Herttaan, SYKEn tietokantoihin tai julkaistaan ymparisto.fi-sivustolla.
Suomessa vastuu biodiversiteetin seurannan järjestämisestä kuuluu ympäristöministeriölle, joka on antanut valtakunnallisen biodiversiteettiseurannan koordinoinnin SYKEn tehtäväksi. SYKEn vetämät seurannat toteutetaan usein yhteistyössä ELY-keskusten kanssa ja osassa seurannoista kansalaisjärjestöjen ja vapaaehtoistyön osuus on merkittävä.
Luonnon monimuotoisuuden seurantaa säätelee kansallinen ja kansainvälinen lainsäädäntö. Näistä tärkeimpiä ovat YK:n biologista monimuotoisuutta koskeva yleissopimus, EU:n lintu- ja luontodirektiivit sekä luonnonsuojelulaki ja -asetus.