Geologiska metoder
Bottnens former och kvalitet kan studeras med olika ekolodningsmetoder, numera speciellt med ekolod som ser i sidled. Detaljerad information om bottnens former och kvalitet på sedimentet behövs för att upptäcka geologiska formationer och naturtyper och för att kunna modelera förekomsten av olika arter.
Dykning och provtagning av botten
Information om arter och livsmiljöer samlas in bl.a. genom dykning. En viktig metod är det s.k. linjedyket, där dyket görs längs ett rep som lagts rakt ut från stranden och all vegetation längs linjen noteras. Samtidigt kan prover av djur som gömmer sig bland algerna tas med hjälp av en nätpåse, och dessa kan senare analyseras i laboratoriet. Prover från mjuka bottnar tas med olika bottenhämtare. Proverna sållas i båt och analyseras i laboratorium.
Videofilmning
Eftersom provtagning och analysering av bottenprover samt dyknig är tidskrävande, samlas information om arter och livsmiljöer in också med hjälp av videofilmning. Videofilmer görs med den s.k. drop video- metoden och med hjälp av fjärrstyrda videorobotar (ROV).
Fiskundersökningar
Inom VELMU karteras också fiskarnas lekområden. Prover tas från bl.a. vassbevuxna stränder genom att vada ut och fånga yngel från ett förutbestämt område (bild). Genom att sammanslå information från karteringarna med omgivningsvariabler (t.ex. vattnets temperatur, salthalt, grumlighet, förekomst av vass), får man fram information om områden där det är sannolikt att fisken leker.
Modelering
Det är omöjligt att inventera alla havsområden. Därför uppgörs statistiska modeller baserade på fältdata och omgivningsvariabler som beskriver sannolika förekomster av arter och miljöer i olika områden. Modellerna kan visualiseras på en karta, och kan användas t.ex. då viktiga arter och mänsklig aktivitet skall planeras in i något havsområde. Modeller görs för vattenväxter, makroalger, bottendjur och fiskar.