Hyppää sisältöön

Suomen ympäristökeskus | Finlands miljöcentral | Finnish Environment Institute

sykefi header valkoinen

Kansallinen tiekartta eDNA:n ja muiden molekyylibiologisten seurantamenetelmien tehokkaan, luotettavan ja rutiininomaisen käyttöönoton eri vaiheista (eDNA-tiekartta)

Hankkeen tausta

Ympäristö-DNA:lla eli eDNA:lla tarkoitetaan eliöiden ympäröivään ympäristöön levittämää DNA:ta. eDNA-näytteet kerätään vesi- tai maaympäristöstä, lumesta tai ilmasta sen sijaan, että näyte otettaisiin suoraan eliöstä. Näytteiden sisältämä DNA eristetään laboratoriossa ja DNA-juosteiden emäsjärjestys selvitetään sekvensoimalla. Saaduille sekvensseille haetaan vastaavuutta maailmanlaajuisista sekvenssitietokannoista, ja näin voidaan saada selville lajit, jotka esiintyvät tutkimuksen kohteena olevassa ympäristössä.

eDNA ja muut molekyylibiologiset menetelmät (MB) tulevat mullistamaan biologisten kartoitusten ja seurantojen kentän. Ne tuovat objektiivisen, kansainvälisesti helposti vertailtavan ja toistettavan lajintunnistuksen, mahdollistavat laajamittaisen synkronoidun havainnoinnin ja tavoittavat monia vaikeasti havaittavia ja huonosti tunnettuja eliöryhmiä, jotka jäävät perinteisiin menetelmiin perustuvien seurantojen ulkopuolelle. MB-menetelmät ovat hyvin suunniteltuina myös erittäin kustannustehokkaita: esimerkiksi paikallisilla vesi- ja ilmanäytteillä voidaan tavoittaa joko yksittäisiä lajeja tai koko lajisto laajalta alueelta, jonka kartoittaminen perinteisin menetelmin ei olisi kustannusten takia mahdollista. MB-menetelmien käyttöä on viime vuosina pilotoitu maailmanlaajuisesti muun muassa biodiversiteetin kartoittamisessa, uhanalaisten lajien havaitsemisessa, vieraslajien leviämisen tarkkailemisessa ja jopa kansalaistieteeseen perustuvissa seurannoissa. Hyvien tulosten valossa useissa EU-maissa suunnitellaan menetelmien rutiininomaista käyttöönottoa.

MB-menetelmien käyttö on hyvin nopeasti kehittyvä ja kirjava kokonaisuus, jonka hyödyntäminen kartoituksissa ja seurannoissa vaatii huolellista tiekartan laatimista. Suomessa MB-menetelmien hallittu käyttöönotto edellyttää hyvää suunnittelua ja eri vaiheiden tarkkaa kuvaamista, parhaiden käytäntöjen ja käytettävissä olevien menetelmien selvittämistä sekä eri toimijoiden yhteistyötä.

Hankkeen tavoitteet

Tämän hankkeen lopputuloksena syntyy kansallinen tiekartta eDNA:n ja muiden molekyylibiologisten seurantamenetelmien hallitun, tehokkaan, luotettavan ja rutiininomaisen käyttöönoton eri vaiheista. Tiekartta hahmottelee keskipitkän ja lyhyen aikavälin tavoitteet ja antaa konkreettisen toimintasuunnitelman vuosille 2021–2025. Hankkeessa vahvistetaan kansallista ja hyödynnetään jo olemassa olevaa pohjoismaista ja eurooppalaista yhteistyötä parhaiden käyttöönoton toimintatapojen tunnistamiseksi.

Kaaviokuva eDNA-hankkeen toiminnasta
 

Kansallisessa tiekartassa

- Kuvataan menetelmien käyttöönoton edellyttämät ympäristöhallinnon ja yksityisen sektorin osaamis- ja infrastruktuuritarpeet sekä laatuvaatimukset.

- Tarkastellaan tarpeita tarkennettujen ohjeiden ja menetelmästandardien osalta.

- Luodaan tarvittavat yhteydet kansainvälisiin toimijoihin, joiden toiminnan kanssa kansallisen MB-seurantamenetelmien tiekartan tulee olla yhteensopiva.

- Täsmennetään käyttöönottoa edeltävän valmistelujakson pituus ja käyttöönoton yhteydessä syntyvät kustannukset (kertaluontaiset/jatkuvat).

- Selvitetään tarvittava tietotekninen infrastruktuuri ja molekulaaristen aineistojen käsittelyssä tarvittava tietojenkäsittelykapasiteetti yhdessä muiden MB-menetelmiä käyttävien TULANET-laitosten ja tieteen tietotekniikan keskuksen (CSC) kanssa.

- Arvioidaan nykyisten sekvenssitietokantojen riittävyys luotettavien tuloksien saavuttamiseksi yhdessä yhteistyökumppanien kanssa.

- Kuvataan tarvittaessa suunnitelmat sekvenssitietokantojen kansalliseksi päivittämiseksi yhteistyössä FinBOL-konsortion kanssa.

- Kartoitetaan MB-seurantojen laajamittaista käyttöönottoa palvelevan mallinnuksen tutkimus- ja kehitystarpeet (esim. kaukokartoituksella saatavaa ympäristötietoa ja eDNA-aineistoja yhdistävä tilastollinen mallinnus).

Lisätietoja

Projektipäällikkö Veera Norros, Suomen ympäristökeskus, etunimi.sukunimi@syke.fi, puh. 0295 251 459

 

Julkaistu 19.5.2021 klo 14.39, päivitetty 24.5.2021 klo 16.40

Kohderyhmä: