Siirry pääsisältöön

Elämää veden kiitoradalla: monilaitekuvantaminen ja kuvien luokittelu avoimella kuvajoukolla planktonin tiheän aikavälin muutosten tutkimuksessa (FASTVISION-plus)

  • Kesto: 2021 - 2025
  • Vaihe: Käynnissä

Projektissa kehitetään planktonin lajintunnistussovelluksia käyttäen automaattisten kuvantamislaitteiden tuottamia kuvia ja muita mittauksia sekä koneoppimismenetelmiä. Ajallisesti tiheäresoluutioista aineistoa planktonyhteisön koostumuksesta käytetään mm. yhteisöekologian tutkimuksessa.

Projektin johto
Sanna Suikkanen (Syke)
Projektiryhmä
Kaisa Kraft, Lumi Haraguchi, Annaliina Skyttä, Heidi Hällfors, Johanna Oja, Pasi Ylöstalo, Maiju Lehtiniemi, Jukka Seppälä (Syke)
Rahoittajat
Suomen Akatemia
Yhteistyökumppanit
Lappeenrannan-Lahden teknillinen yliopisto, IGB Lake Lab (Stechlin, Saksa), OBSVLFR (Villefranche-sur-Mer, Ranska), CNRS/ULCO (Wimereux, Ranska)
Aihealue
Meri

Lajitasoisen tiedon saanti planktonyhteisöistä perustuu yhä pitkälti perinteiseen mikroskopiaan, joka suhteellisen hitaana menetelmänä rajoittaa planktonyhteisöekologian ja -ekosysteemien tutkimusta. FASTVISION-plus -konsortiossa yhdistyvät Suomen ympäristökeskuksen nykyaikaiset planktonin kuvantamislaitteet ja lajintuntemus, sekä Lappeenrannan-Lahden teknillisen yliopiston tietokonenäkö- ja hahmontunnistusosaaminen.

Automaattisten kuvantamislaitteiden mikroskooppisesta planktonista tuottamien kuvien ja muiden mittausten avulla hankkeessa kehitetään lajintunnistussovelluksia käyttäen monipuolisia koneoppimismenetelmiä, joita voidaan soveltaa laitteesta ja tutkimusalueesta riippumatta. Tätä aiempaa huomattavasti tiheäresoluutioisempaa aineistoa planktonyhteisön koostumuksesta käytetään tutkittaessa yhteisöekologiaan, monimuotoisuuteen ja ekosysteemien toimintaan liittyviä avainhypoteeseja kokeellisesti ja kenttäoloissa.