Miljöuppföljningen inom temat producerar riksomfattande basinformation om artbeståndets tillstånd och arternas livsmiljöer. SYKE samlar in data för observationsserier av storskarv, vitkindad gås, dagfjärilar och artbeståndet i åar och sjöar. De flesta observationerna inleddes på 1990-talet men artbeståndet i insjöarna har övervakats sedan 1960-talet. I uppföljningen mäts bl.a. sådana delfaktorer som berör objektets omfattning, utbredning och livskraft. Utgående från övervakningsuppgifterna bedöms tillståndet för arterna och deras livsmiljöer, behovet av skydd och en gynnsam skyddsnivå samt en hållbar användning av arterna. Man utvecklar också metoder för skydd, vård och återställande av mångfalden.
SYKE rapporterar om bl.a. uppföljningen av de naturtyper som nämns i habitatdirektivet direkt till miljöministeriet. Beroende på vilken slags uppföljning det gäller lagras uppgifterna antingen i Hertta eller SYKEs databaser eller publiceras på webbplatsen miljo.fi.
I Finland har miljöministeriet ansvaret för övervakningen av den biologiska mångfalden. Ministeriet har gett SYKE i uppgift att koordinera den riksomfattande biodiversitetsövervakningen. Den övervakning som sköts av SYKE genomförs ofta i samarbete med Närings-, trafik- och miljöcentralerna och i en del övervakningsprocesser står olika medborgarorganisationer och frivilligarbete för en betydande andel.
Övervakningen av den biologiska mångfalden regleras av nationell och internationell lagstiftning. De viktigaste rättsakterna är FN:s konvention om biologisk mångfald, EU:s fågel- och habitatdirektiv samt naturvårdslagen och naturvårdsförordningen.