Hyppää sisältöön

Suomen ympäristökeskus | Finlands miljöcentral | Finnish Environment Institute

sykefi header valkoinen

DNA-viivakoodauksen hyödyntäminen automaattisessa lajitunnistuksessa (TIMED)

Hankkeen kuvaus

DNA-viivakoodauksen hyödyntäminen automaattisessa lajitunnistuksessa –projekti pyrkii yhdistämään DNA-viivakoodauksen ja kuviin perustuvan koneoppisen uudella tavalla automaattisen vesistöjen biomonitoroinnin edistämiseksi. Projektissa optimoimme lajitunnistusta kokonaisuutena, joka sisältää kuvantamis-, viivakoodaus- ja koneoppimisvaiheita, ja kehitämme uusia koneoppimisalgoritmeja kokonaisuutta edistävällä tavalla keskittyen kolmeen päätehtävään: 1) koulutusaineistoon kuuluvien lajien tunnistus, 2) koulutusaineistoon kuulumattomien lajien havaitseminen ja 3) biomassan automaattinen arviointi. Kaikissa näissä tehtävissä pyrimme hyödyntämään viivakoodaustuloksia uusin tavoin. Projektin aikana keräämme uuden suuren tutkimusta tukevan tietokannan. 

Henkilöt hankkeessa

Vastuullinen johtaja: Erikoistutkija Jenni Raitoharju, YTO

Päätutkija: Mikko Impiö, YTO

Muu tuki SYKEn sisällä: 

Johtaja Kristian Meissner, YTO

Erikoistutkija Eero Siivola, YTO

Kansainväliset yhteistyökumppanit:

Assoc. Prof. Alexandros Iosifidis, Aarhus University, Tanska, asiantuntemus hankkeessa: koneäly

Senior Researcher Toke T. Høye, Aarhus University, Tanska, asiantuntemus hankkeessa: ekologia

Prof. Florian Leese, University of Duisburg-Essen, Germany, asiantuntemus hankkessa: DNA-viivakoodaus

Lisätietoa

Erikoistutkija Jenni Raitoharju

Julkaistu 18.1.2021 klo 10.48, päivitetty 19.1.2021 klo 17.11